學院現有5個本科專業、4個碩士學位授予權、1個一級學科博士學位授予權、4個二級學科博士學位授予權，設有環境科學與工程一級學科博士後流動站。

2001年以來，環境科學與工程學科被批準為江蘇省重點建設學科、“211工程”重點建設學科和國家優勢學科平台重點建設學科。2007年環境工程學科被評為國家重點（培育）學科，一級學科入選江蘇省重點學科并被列為國家重點一級學科培育點，在2008年全國學科評估中排名第七；2010年環境科學與工程學科入選江蘇高校優勢學科建設工程，2014年以考核結果為“A”的優異成績高質量通過驗收，并順利入選二期建設項目。2016年河海大學“環境/生态學”學科排名進入ESI前1%。2017年，學院環境科學與工程一級學科入選首批國家“雙一流”學科建設序列。環境科學與工程一級學科在第四輪學科評估中評估為A類。